Πιθανή επικινδυνότητα λόγω μεταφοράς γονιδίου ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά και πιθανές αντιδράσεις από την χρήση ιικού DNA

Κατά την κατασκευή των γενετικά τροποποιημένων φυτών χρησιμοποιούνται ως δείκτες αναγνώρισης γονίδια ανθεκτικότητας σε αντιβιοτικά, που προέρχονται από βακτήρια. Υπάρχει θεωρητικά μικρή πιθανότητα, μέσω «οριζόντιας» μεταφοράς να μεταφερθεί το γονίδιο ή τμήμα του γονιδίου από το τρόφιμο σε κύτταρα ή βακτήρια του ανθρώπινου πεπτικού συστήματος.
Αν συμβεί κάτι τέτοιο, είναι πιθανό βακτήρια του πεπτικού συστήματος να μετατραπούν σε υπερανθεκτικά, απαιτώντας όλο και ισχυρότερα αντιβιοτικά για την αντιμετώπισή τους.
Έρευνες έχουν δείξει ότι μικρή ποσότητα από το DNA που έχει ληφθεί από το στόμα δεν διασπάται με τη φυσιολογική διαδικασία της πέψης. Το γεγονός ότι θραύσματα διαγονιδιακών γονιδίων δεν ανιχνεύονται στο αίμα, αλλά μπορεί να ανιχνευτούν στους ζωικούς ιστούς υποδηλώνει ότι βρίσκονται σε πολύ χαμηλές συγκεντρώσεις στην κυκλοφορία και απαιτούνται περισσότερο ευαίσθητες μέθοδοι ανίχνευσής τους. Οι πιθανότητες να απορροφηθούν τα γονίδια ανθεκτικότητας από τα βακτήρια του εντέρου είναι πολύ μικρός, αλλά δεν μπορεί να αποκλειστεί. Για το λόγο αυτό γίνεται προσπάθεια να χρησιμοποιηθούν άλλα γονίδια ως δείκτες αναγνώρισης, όπως η πράσινη φθορίζουσα πρωτεΐνη της τσούχτρας.
Για να μπορέσει να ενσωματωθεί το επιθυμητό γονίδιο στον γενετικό κώδικα του οργανισμού που τροποποιείται απαιτείται η χρήση του γενετικού υλικού βακτηρίων ή ιών που έχουν σαν ξεχωριστή ιδιότητα την ικανότητα ενσωμάτωσης.
Οι περισσότερες γενετικά τροποποιημένες καλλιέργειες χρησιμοποιούν τον ιό της ελαιοκράμβης (rapeseed) 35S (GaMV35S) ως προαγωγέα για την ενεργοποίηση του εισηγμένου γονιδίου. Υπάρχει ωστόσο υποψία πρόκλησης ασθενειών καρκινογένεσης, μεταλλαξιογένεσης, καθώς και ενεργοποίησης των ιών που βρίσκονται σε λανθάνουσα κατάσταση ή, τέλος ακόμη και δημιουργίας νέων ιών από τον ισχυρό αυτό ιό.