Αν το γονίδιο που μεταφέρεται στον οργανισμό προέρχεται από αλλεργιογόνο τρόφιμο (όπως γάλα, οστρακοειδή, ψάρια, ξηροί καρποί), υπάρχει περίπτωση να μεταφέρει την αλλεργιογόνο δράση του στο νέο τρόφιμο. Για να αποφευχθεί αυτός ο κίνδυνος, κάθε νέο γενετικά τροποποιημένο τρόφιμο πρέπει να ελέγχεται για την αλλεργιογόνο του δράση και να εγκρίνεται μόνο αν δεν παρουσιάζει σημαντικές διαφορές από το αντίστοιχο συμβατικό.
Παράδειγμα αποτελούν οι καλλιέργειες φυτών Bt. Έχει βρεθεί ότι οι αγρότες που εκτίθενται στο παρασιτοκτόνο Bt μπορεί να εμφανίσουν ευαισθητοποίηση του δέρματος και να αναπτύξουν αντισώματα lgG στο εκχύλισμα των Bt σπόρων. Ακόμα, η «αντιψυκτική» πρωτεΐνη που παράγεται από μια γενετικά τροποποιημένη ζύμη και εκφράζει μια πρωτεΐνη που λαμβάνεται από τα ψάρια πρόκειται να χρησιμοποιηθεί σε τρόφιμα, όπως τα παγωτά. Έχοντας υπόψη ότι η αλλεργία στα ψάρια είναι αποδεδειγμένη, ο πιθανός κίνδυνος εμφάνισης αλλεργίας από αυτές τις πρωτεΐνες σε ευαίσθητα άτομα ελλοχεύει, αν και η μόνη κλινική μελέτη που έχει διεξαχθεί με την αντιψυκτική πρωτεΐνη έδειξε ότι δεν διαθέτει αλλεργιογόνο δράση.
Τα αποτελέσματα των μελετών μέχρι σήμερα δεν έχουν δείξει ότι τα γενετικό τροποποιημένα τρόφιμα προκαλούν αλλεργίες σε βαθμό μεγαλύτερο από τα παραδοσιακά τρόφιμα. Παρόλα αυτά, οι μελέτες πρέπει να συνεχιστούν για να καλυφθούν όλες οι περιπτώσεις.
Πέρα από την παραγωγή τοξικών ή αλλεργιογόνων, η εισαγωγή νέων γονιδίων στους γενετικά τροποποιημένους οργανισμούς μπορεί να αυξήσει την παραγωγή αντιδιατροφικών ουσιών (antinutrients). Αντιδιατροφικές ουσίες που παρεμποδίζουν την απορρόφηση θρεπτικών ουσιών από τον οργανισμό είναι παρούσες και στα συμβατικό τρόφιμα, τις περισσότερες φορές όμως μειώνονται με θερμική κατεργασία. Στην περίπτωση των γενετικά τροποποιημένων τροφίμων φαίνεται να παράγονται θερμοανθεκτικές αντιδιατροφικές ουσίες, όπως τα φυτοοιστρογόνα, οι γλυκινίνες και το φυτικό οξύ που έχει βρεθεί ότι προκαλούν προβλήματα στη γονιμότητα σε πρόβατα και σε βοοειδή, αλλεργικές αντιδράσεις και δέσμευση του φωσφόρου και του ψευδαργύρου, με αποτέλεσμα αυτά να μην είναι πλέον διαθέσιμα για τον οργανισμό. Μια πιθανή αύξηση στη συγκέντρωση των αντιδιατροφικών ουσιών σε ένα γενετικά τροποποιημένο τρόφιμο δεν πρέπει να γίνεται αποδεκτή, δεδομένου ότι μπορεί να καταναλωθεί χωρίς να έχει υποστεί θερμική κατεργασία.
Απλά μαθήματα διατροφήςΕνδεχόμενοι Κίνδυνοι από την Χρήση Γενετικά Τροποποιημένων ΤροφίμωνΤα Γενετικά Τροποποιημένα Τρόφιμα και η Δημόσια Υγεία