Πιθανή επικινδυνότητα λόγω ενσωμάτωσης γονιδίων

Η εισαγωγή νέων γονιδίων στους υπάρχοντες οργανισμούς μπορεί να έχει απρόβλεπτες συνέπειες στο γονιδίωμα του νέου οργανισμού. Κάποια γονίδια μπορεί να σιγήσουν και κάποια άλλα που ήταν ανενεργά να ενεργοποιηθούν, προκαλώντας απρόβλεπτες συνέπειες. Ο μεταβολισμός του οργανισμού διαταράσσεται, δημιουργώντας νέες τοξικές ουσίες ή αυξάνοντας την ποσότητα των υπαρχόντων.
Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελεί η περίπτωση της τρυπτοφάνης. Το 1989 τρυπτοφάνη που παρήχθη από γενετικά τροποποιημένα μικρόβια προκάλεσε το θάνατο 39 ατόμων στις ΗΠΑ και μόνιμη ανικανότητα εργασίας σε 1540 άτομα εξαιτίας του συνδρόμου ηωσινοφιλίας- μυαλγίας. Το πρόβλημα δεν δημιουργήθηκε από τη γενετικά τροποποιημένη τρυπτοφάνη, αλλά από την παραγωγή τοξικών προϊόντων από τα γονίδια του μικροβίου στο οποίο ενσωματώθηκε το ξένο γονίδιο της τρυπτοφάνης. Αυτή η εισαγωγή διατάραξε το σύνολο της λειτουργίας του μικροβίου, με αποτέλεσμα τη δημιουργία των τοξικών προϊόντων.
Η πιθανότητα να υπάρχει μια άγνωστη ουσία στο γενετικά τροποποιημένο τρόφιμο καθιστά αναγκαίο τον έλεγχο της τοξικότητας κάθε τέτοιου τρόφιμου στα πειραματόζωα ως ολικό τρόφιμο και όχι ως απομονωμένη πρωτεΐνη, αν και, όπως τονίζουν ερευνητές, υπάρχουν περιορισμοί στην εύρεση σχέσεων δόσης-αποτελέσματος.